本着“创一流科研水平、培养一流人才”的宗旨，微软亚洲研究院和一些中国知名高校合作建立联合实验室，共同探索校企研究合作的新模式、培养高水平的计算机研究人才。目前，微软亚洲亚洲研究院与清华大学、北京大学、浙江大学、哈尔滨工业大学、中国科学技术大学、上海交通大学、香港科技大学、香港中文大学，这八所高校合作建立了联合实验室。2004年11月8日，微软亚洲研究院与教育部科技司合作，将五个建设了两年以上的联合实验室纳入教育部重点实验室的管理体系，共同建设了第一批“教育部-微软重点实验室”：“清华大学媒体与网络技术教育部-微软重点实验室”、“浙江大学视觉感知教育部-微软重点实验室”、“哈工大语言语音教育部-微软重点实验室”、“香港科大信息技术教育部-微软重点实验室”、“中科大多媒体计算与通信教育部-微软重点实验室”。在此之后建立的联合实验室包括：“上海交通大学微软智能计算与智能系统实验室”、“北京大学微软统计与信息技术实验室”、“香港中文大学微软交互技术实验室”。
为了及时总结联合实验室的建设情况，进一步促进各个联合实验室的之间的成果和经验的交流，微软亚洲研究院将协调各联合实验室撰写实验室建设的阶段性报告，并将组织每年一度的“微软亚洲研究院联合实验室”研讨会。
相关报告将报教育部科技司，作为“教育部-微软重点实验室”的阶段性建设报告，其它实验室的报告作为进一步申请“教育部-微软重点实验室”的工作报告。教育部高教司领导将参加“微软亚洲研究院联合实验室”研讨会，和微软亚洲研究院和各高校一起总结经验、探讨新的合作模式。在总结联合实验室建设成果的基础上，微软亚洲研究院计划通过组织研讨会的形式建设高水平的学术交流平台。研讨会将邀请各联合实验室参与最有代表性的研究成果的教授和学生参加，报告研究成果并和其他联合实验室交流。微软亚洲研究园还将邀请相关领域的知名专家一起报告学术前沿动态，共同探讨热点话题。教育部高教司领导将参加“微软亚洲研究院联合实验室”研讨会，和微软亚洲研究院和各高校一起总结经验、探讨新的合作模式。 预定本年度11月份在香港举行第一届教育部微软重点实验室联合学术交流会议。